Dezynfekcja jest to proces, dzięki któremu z basenu zostają usunięte takie drobnoustroje jak : bakterie, grzyby i glony, które swoim działaniem pozostawiają w basenie śliskie osady i powodują zmętnienie się wody. Obecnie najpopularniejszymi środkami chemicznymi przeznaczonymi do usuwania tego rodzaju zabrudzeń jest chlor oraz aktywny tlen.